Met behulp van het KWF-Fellowship ga ik twee jaar aan de slag op het Broad Instituut, een Instituut dat is ontstaan uit een samenwerkingsverband tussen de universiteiten Harvard en de Massachusetts Institute of Technology (MIT).  Mijn onderzoek gaat zich richten op het analyseren van tumoren in de hersenen, in het bijzonder de glioblastomen.

Aan de grondslag van alle activiteit in een cel ligt ons DNA. Het DNA vormt de blauwdruk voor de effectieve moleculen in de cel, de eiwitten. Het DNA bestaat uit een aaneenrijging van vier nucleotiden. Door ieder nucleotide voor te stellen als een letter laat het zich lezen als een lange regel van vier verschillende letters. Enkele jaren geleden maakte het International Human Genome Sequencing Consortium de volgorde van de letters bekend. Deze sequentie wordt ook wel ons genoom genoemd. Door de bekendmaking van het genoom en grote technologische verbeteringen zijn we nu in staat om de precieze sequentie, hoeveelheid DNA en activiteit van ons genoom te bepalen in individuele weefselmonsters. Dergelijke genoombrede bepalingen zijn belangrijk omdat we weten dat kanker cellen op deze niveaus ontregeld zijn.

Het Broad Instituut heeft een belangrijke rol gespeeld in de bepaling van het humane genoom en de ontwikkeling van diverse genoombrede technieken. Het is daarom bijzonder interessant om binnen het Broad Instituut ervaring op te doen en te werken met wereldwijd erkende experts. De groep waarin ik ga functioneren staat onder leiding van dr. Matthew Meyerson, een van de onderzoekers die een voortrekkersrol heeft gespeeld in de toepassing van genoombrede technieken in kanker onderzoek.

Ik ga me richten op het TCGA project waarin glioblastomen dichter onder de loep worden genomen. Er zullen genoombrede bepalingen worden gedaan van de DNA sequentie, de DNA hoeveelheid en de DNA activiteit van een grote groep tumoren. Als computationeel bioloog richt ik mij hierin in het bijzonder op de analyse, integratie en interpretatie van de enorme hoeveelheden data die voortkomen uit het TCGA project. Na deze twee jaar zal ik dit onderzoek voortzetten in het Universitair Medisch Centrum Utrecht, in de groep van prof.dr. Frank Holstege.

 

Terug naar overzicht KWF Fellows >